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Segunda temporada (2009) Walter sigue lidiando con las costosas cuentas médicas a pagar por su tratamiento contra el cáncer y, pese a haber enfrentado grandes dificultades cuando cocinaba metanfetamina con Jesse, acepta continuar con el negocio. Los dos siguen produciendo droga pero tienen varios problemas: Badger (Matt L. Jones), amigo de Jesse, es arrestado después de que un policía se hace pasar por un comprador. Walter contrata un abogado, Saul Goodman (Bob Odenkirk), para ayudar a Badger. Walter y Jesse llevan un vehículo recreacional al desierto y cocinan sin parar durante cuatro días. Más tarde, Combo, otro de los amigos y distribuidores de Jesse, es asesinado por una banda rival por vender droga en su territorio. Saul sugiere que busquen otra manera de vender sus productos. Mientras todo esto ocurre, Jesse comienza una relación con su vecina y casera, Jane (Krysten Ritter), una joven en plena recuperación de su adicción a las drogas. Tras enterarse de que Jesse consume, Jane recae y ambos comienzan a usar heroína. Walt encuentra un nuevo socio de negocios, Gus Fring (Giancarlo Esposito), quien está dispuesto a pagar 1,2 millones de dólares por las 38 libras de metanfetamina que produjeron en sus cuatro días en el desierto. Walter, con un escaso margen de tiempo, le lleva el producto a Gus pero se pierde el nacimiento de su hija. Walt le quita a Jesse su mitad del dinero porque sabe que lo gastará en heroína, pero Jane lo descubre y empieza a chantajearlo. Walt visita la casa de Jesse y ve a ambos drogados e inconscientes tirados en la cama. Jane comienza a vomitarse a sí misma, ahogándose con su propio vómito, Walt no hace nada para salvarla y la deja morir. Al final de la temporada, Skyler enfrenta a Walter por sus frecuentes ausencias y excusas, descubre su vida secreta y exige que se separen. Al mismo tiempo, el padre de la fallecida Jane, un controlador aéreo, queda alterado psiquiatricamente por la muerte de su hija y causa el choque de dos aviones de pasajeros en Albuquerque. Episodio - 1 "Siete treinta y siete" Después de haber terminado su trato con Tuco en el depósito de chatarra, Walt y Jesse se dan cuenta de lo violento que puede ser. Jesse está convencido de que ha visto la camioneta de Tuco pasar por la calle de su casa. Walt no cae en paranoia hasta que ve una camioneta negra estacionada en la misma cuadra de su casa. La solución de Jesse es matar a Tuco a tiros antes de que él los mate, pero Walt tiene una mejor idea: utilizar ricina. El pánico se apodera de ambos cuando piensan que Tuco mató a sus asociados. Hank revisa el material de vigilancia de seguridad del almacén de rodaje sin darse cuenta de que es Walt y Jesse. Skyler le cuenta a Hank acerca del hurto de Marie, y se entera de que está recibiendo tratamiento para la cleptomanía. Tuco secuestra a Walt y Jesse. Episodio - 2 "A la parrilla" Después de haber sido secuestrado por un Tuco enloquecido, Walt y Jesse se mantienen prisioneros por él en una choza en el desierto donde a menudo se esconde y se hace cargo de su tío enfermo, Héctor. El cuñado de Walt, Hank y la DEA han desplegado toda la organización de Tuco y él cree que unos de sus compañeros lo delataron. Walt intenta sin éxito envenenar a Tuco con la ricina que fabricó. Mientras tanto, Hank, toma un tiempo para buscar a Walt. Skyler comienza a repartir volantes con la foto de Walt. Hank recuerda que Jesse Pinkman era fuente de marihuana de Walt y trata de encontrarlo. El tío mudo, en silla de ruedas, le alerta sobre el plan que traman sus prisioneros. Entonces Tuco los lleva afuera y planea matar a Jesse, Walt y Jesse logran herir a Tuco y escapan. Hank se muestra en busca de Jesse, y se enfrenta a Tuco herido. Un breve tiroteo sobreviene y Hank dispara Tuco matándolo al instante.